安徽中医学院始建于1959年，1970年并入安徽医学院，1975年恢复重建，2000年经省政府批准省医药学校与我校合并。历经46年的建设与发展，我校已成为一所以中医药教育为主体，人才培养、科学研究、医疗服务和对外交流协调发展的高等中医药院校，已培养出近2万名中医药各类毕业生。
　　学校占地面积429.6亩，分东、西两个校区。现有教职工总数1854人，具有高级职称者447人。目前在校生8千余人，其中硕士生357人。设有中医临床学院、针灸骨伤临床学院、中西医结合临床学院、药学院、护理学院、医药经济管理学院、医药信息工程学院、公共基础部、社会科学部、研究生部及成人教育学院等11个教学单位。建有第一附属医院（省中医院）、第二附属医院（附属针灸医院）及神经病学研究所、针灸经络研究所、计算机中医应用研究所等10个研究机构。拥有安徽省武警总队医院、芜湖市中医院、六安市中医院等3所非直属附属医院。
　　拥有以中医药学科为主，兼有理学、工学、管理学、经济学等学科的教学体系。现有中医学、针灸推拿学、康复治疗学、中西医临床医学、药学、中药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发、护理学、国际经济与贸易、应用心理学、信息管理与信息系统、计算机科学与技术等14个本科专业；18个硕士学位授予点，覆盖中医学、中西医结合、药学、中药学四个一级学科；4个博士生联合培养基地。有2个省级教改示范专业、5个国家中医药管理局重点建设专科、5个省级重点专科、2个省级重点实验室、2个省级基础课实验教学示范中心、6门省级重点课程、5门省级精品课程。
　　“十五”以来，共承担国家级、省部级、厅局级各类研究课题及横向合作研究课题324项、省校两级教研项目60项，科研经费3540万元，获研究成果107项；在省级以上专业杂志发表学术论文1551篇，编写出版论著和教材193部。《安徽中医学院学报》为中国科技核心期刊和中国科技论文等大型数据库统计源期刊，办刊水平位于全国中医药院校学报的前列。
　　学校积极开展对外教育与交流，从1995年起开始招收外国和港澳台地区留学生；与美国、加拿大、韩国、新加坡、日本、澳大利亚等11个国家及香港特别行政区医疗和教育机构建立了中医药高等教育和医疗科研协作关系，在国际上的影响力正在不断扩大。

学校为1978年文革后首批研究生招生单位，1981年成为硕士学位授予单位。除招收统招硕士研究生，还开展了在职人员以研究生同等学力申请硕士学位、临床医学专业学位及外籍研究生教育等多种途径的研究生培养和学位授予工作。“十五”期间，学校已建成1个国家中医药管理局重点学科、3个省级重点建设学科、14个校级重点学科，形成了一批特色明显、优势突出和极具潜力的科研方向。在完成高水平的科研工作过程中，一大批学科、学术带头人脱颖而出，研究生教育得到稳步发展。治学严谨、实力雄厚的导师队伍，特色突出、优势明显的学科群体，为培养高质量的研究生营造了良好的氛围。所培养的研究生在国内外中医药教育、科研、医疗、管理以及企业的岗位上发挥着重要作用，许多已经毕业的研究生成为相关学科领域的带头人和学术骨干。